Laboratoire de génétique simulé, 100 % dans le navigateur
DNA Teacher
Apprenez la génétique depuis zéro, puis manipulez du matériel réellement simulé : extraction d’ADN, PCR, électrophorèse, clonage, séquençage et CRISPR-Cas9 — chaque réglage a des conséquences.
- instruments simulés
- 19
- modules de cours
- 25
- niveaux, du zéro à CRISPR
- 5
01 · Comprendre
De la cellule à la double hélice
Deux mètres d’ADN tiennent dans un noyau de six micromètres. Le zoom traverse cinq échelles réelles : cellule, noyau, chromosome, fibre de nucléosomes, double hélice.
- 1Cellule≈ 10 à 20 µm de diamètre
- 2Noyau≈ 6 µm de diamètre
- 3Chromosome≈ 1,4 µm de large × 2 à 10 µm de long
- 4Fibre de chromatine (nucléosomes)≈ 11 nm par nucléosome
- 5Double hélice d’ADN2 nm de diamètre · 0,34 nm entre deux paires de bases
02 · Manipuler
19 instruments, avec un moteur de simulation chacun
Ce ne sont pas des images : chaque appareil a un état interne, des réglages, des temps de chauffe et des pannes. Une centrifugeuse déséquilibrée vibre, un gel trop chaud fond, une PCR mal amorcée ne donne rien. Choisissez un instrument pour l’examiner.
Vue d’ensemble de la paillasse : trois instruments tournent, voyants allumés. Choisissez-en un ci-dessous pour l’approcher et lire sa fiche.
Manipulation4
Température4
Analyse7
Préparation2
Stérilité2
03 · Observer
Des résultats calculés, pas des illustrations
Ces trois figures sortent des mêmes moteurs que l’application : la distance de migration vient du modèle de mobilité en gel d’agarose, le tracé de température du moteur du thermocycleur, la taille des colonies de la loi de croissance sur boîte.
Électrophorèse sur gel d’agarose 1 %
50 min à 120 V, TAE, révélation sous UV
L’amplicon EGFP s’arrête à 5,2 cm du puits, entre les bandes 750 et 1 000 pb de l’échelle : 720 pb. À côté, le plasmide digéré rend ses deux fragments attendus, 2 686 pb et 720 pb. Le témoin sans matrice reste vide.
Thermocycleur en marche
30 cycles, rampe 3,0 °C/s, couvercle chauffé à 105 °C
- Bloc
- Couvercle
Dénaturation initiale · 0 min sur 82 min de programme.
Criblage bleu/blanc après transformation
16 h à 37 °C
118 colonies sur la boîte, dont 19 bleues : celles-là ont reçu un plasmide refermé sur lui-même, leur gène lacZ est intact et elles clivent le X-gal. Les blanches portent l’insert, qui interrompt lacZ : ce sont les clones à repiquer.
Chaque geste est consigné dans le cahier de labo avec ses paramètres, ses erreurs et ses résultats, exportable en PDF ou en Markdown.
04 · Éditer
CRISPR-Cas9, étape par étape
Étape 1 / 7
Cas9 seule (forme apo)
La protéine Cas9 de Streptococcus pyogenes (SpCas9, 1 368 acides aminés) a deux lobes : le lobe REC (reconnaissance), qui tiendra l’hybride ARN–ADN, et le lobe NUC (nucléase), qui porte les deux domaines de coupure HNH et RuvC ainsi que le domaine PI, qui reconnaît le PAM. Sans ARN guide, Cas9 est inactive.
05 · Progresser
Un parcours en cinq niveaux
25 modules, de « qu’est-ce qu’un gène » à la déconvolution de traces Sanger. Chaque module suit le même rythme : théorie, visualisation, manip guidée, expérience libre, résultats, quiz. Comptez environ 10 heures, plus 3 projets libres à mener de bout en bout.
Niveau 0
Découverte du labo
Visite des instruments et règles de sécurité
1 module · 15 min
Niveau 1
Fondamentaux
De la cellule à la protéine
5 modules · 100 min
Niveau 2
Techniques de laboratoire
Les gestes et les instruments de la biologie moléculaire
10 modules · 280 min
Niveau 3
CRISPR-Cas9
Éditer un génome, de la théorie au génotypage
6 modules · 155 min
Niveau 4
Bioinformatique
Lire, annoter et aligner des séquences
3 modules · 60 min
Entrez dans le laboratoire
Commencez par la visite des instruments, ou prenez le parcours dans l’ordre. Vos manips, vos erreurs et vos résultats restent dans votre cahier de labo.
100 % dans le navigateur
Aucun calcul sur un serveur, aucune installation, aucun matériel. Les simulations tournent sur votre machine.
Organismes modèles et gènes inoffensifs
E. coli K-12 (DH5α), levure et HEK293 ; GFP, lacZ et résistances usuelles. Aucun pathogène, aucune toxine.
Gratuit, et on peut tout casser
Un gel qui fond ou une PCR ratée coûtent zéro euro : refaites la manip, le cahier garde la trace des deux essais.